1 - Défier le soleil
Edward et Alphonse, encore très jeunes, tentent une transmutation humaine, technique d'alchimie interdite pour ressusciter leur mère. Mais l'opération échoue, Edward perd un bras et une jambe tandis qu'Alphonse se trouve transmuté dans un corps de métal. Quelques années plus tard, sur invitation, ils se rendent à la cité de Lior où tout se passe bien au début. Mais les choses se dégradent...
2 - Le corps d'un condamné
Suite du combat contre Cornello, qui tourne à l'avantage de celui-ci grâce à la pierre philosophale, Edward et Alphonse s'enfuient mais les villageois sont à leur recherche et capturent Edward. Alphonse réussi à libérer son frère grâce à un stratagème qui consiste à faire entendre aux villageois les propos de Cornello, qui n'est pas un dieu comme il le faisait croire à tout le monde.
3 - Maman…
Les deux frères se souviennent de leur jeunesse où ils apprenaient l'alchimie sous l'oeil bienveillant de leur mère. Mais celle-ci meurt de maladie. Ils se promettent alors de tout faire pour la ramener à la vie, même tenter l'alchimie interdite... C'est un échec, Alphonse perd son corps et son âme a juste le temps de se réfugier dans une énorme armure grâce à l'intervention d'Edward qui perd un bras et une jambe.
4 - Le trafiquant d'âmes
Edward fait la connaissance du Lieutenant-colonel Roy Mustang, un alchimiste d'État, qui lui apprend que l'alchimiste Mahjal pratiquerait l'alchimie humaine, technique qui pourrait l'aider à ressusciter sa mère.
5 - L'homme au bras bionique
Après avoir rencontré Mahjal, ce qui ne donna rien, Edward et Alphonse décident de revenir à la capitale. Roy les fait monter dans un train où se trouvent le général Hakuro et sa famille. Mais le train est attaqué par des terroristes qui veulent enlever le général. Edward, Alphonse et le lieutenant-colonel Hughes réussissent à les en empêcher.









